Milejczyccy parafianie poparli powstanie styczniowe i czynnie włączyli się do walki narodowowyzwoleńczej. Już 4 lutego 1863 r. doszło pod Milejczycami do znaczącej bitwy. Została ona wymieniona przez Stanisława Zielińskiego w opracowaniu Spis chronologiczny i alfabetyczny bitew i potyczek 1863-1864. Zapomniano o niej, gdyż nie została upamiętniona. Oddział powstańczy odbił też rekrutów, powołanych do wieloletniej służby w wojsku rosyjskim i trzymanych w domu chłopa Dawidziuka w Śnieżkach. W tym czasie powstańcy byli również w kalejczyckim dworze u ziemskiego pośrednika Zalewskiego i prosili go o podwody.

Zapomniane mogiły

O staczanych na terenie parafii potyczkach świadczą też zachowane groby. Tym bardziej że teren parafii porastał i porasta duży procent lasu. Grobami w Bystrych, znajdującymi się przy dawnym dworze, opiekowali się nauczyciele i uczniowie ze szkoły podstawowej w Nurcu. Likwidacja szkoły pozbawiła je opiekunów. Obecnie mogiły są zarośnięte i niewidoczne. Nasi parafianie z Bystrych domagają się identyfikacji ciał powstańców. Myślą również o upamiętnieniu bohaterów. Być może są to mogiły uczestników bitwy pod Milejczycami, bądź innej potyczki. Potrzebna też jest im pomoc.

Represje wobec miejscowej ludności

O rozmiarach powstania informują również zastosowane represje wobec miejscowej ludności. Grabieże, konfiskaty mienia, więzienia, zsyłki na Syberię dotknęły szlachtę za uczestniczenie i sympatyzowanie z polskim ruchem narodowowyzwoleńczym. Józef Kurzeniecki – właściciel majątku w Pokaniewie i wicemarszałek szlachty podlaskiej, utrzymywał stały kontakt z powstańcami. To z pokaniewskiego dworu 20 września 1863 r. wyruszył Antoni Barancewicz, dowódca działający na terenie Białostocczyzny, aby ze swoim oddziałem wziąć udział w bitwie pod Wygonowem. Informację o tym przekazują najstarsi mieszkańcy Pokaniewa. Bitwa pod Wygonowem była ostatnią, największą powstańczą bitwą na terenie dawnego powiatu bielskiego. Oddział Barancewicza, byłego ppor. Libawskiego Pułku Piechoty, zaatakował transport zagrabionego mienia, pochodzący ze zbiórki od okolicznych mieszkańców i konwojowany przez carskich żołnierzy do Bielska Podlaskiego. Józef Kurzeniecki za poparcie powstania został pozbawiony pokaniewskiego majątku.

Ciężkie represje uderzyły również w Kościół katolicki jako ostoję polskości. Za aktywny udział niektórych parafian w powstaniu oraz śpiewanie patriotycznych pieśni w czasie nabożeństw, władze zaborcze zamknęły kościół i zlikwidowały milejczycką parafię. Zaborca przekazał parafialny majątek: kościół, kościelne budowle oraz 12 włók (264 ha) ziemi (dane powojenne) cerkwi prawosławnej w Milejczycach. Aresztował i zesłał na Syberię proboszcza. Milejczycka cerkiew zamieniła kościół św. Stanisława Biskupa i Męczennika na cerkiew Świętego Ducha. Ogołociła go ze wszystkich utensylii. Usunęła ławki, ambonę, chrzcielnicę, balustrady na chórze i galeriach. Przystosowując kościół do potrzeb ortodoksyjnego prawosławia, zniszczyła trzy barokowe ołtarze z 1744 r. Zlikwidowała w nich przestrzenne rzeźby aniołów: serafinów i cherubinów oraz świętych: Wojciecha, Mikołaja i Michała Archanioła. Wyjęła z ołtarza głównego obrazy patronów kościoła: św. Zygmunta i św. Stanisława, biskupa i męczennika, wskrzeszającego Piotrowina z grobu. Były one malowane na płótnie i umieszczone w rzeźbionych oraz złoconych ramach. Władze cerkwi zdemontowały też ołtarz św. Antoniego z obrazem tego katolickiego świętego, malowanym na płótnie. Wyrzuciły obraz Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, zasuwający w XIX wieku obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem zwanym wówczas Najświętszej Maryi Panny Szkaplerznej. Wszystkie wyeliminowane rzeczy, wymienione powyżej oraz dzwony z dzwonnicy w Milejczycach i z kaplicy w Chlewiszczach nigdy nie powróciły do milejczyckiego kościoła. Nie usunięte zostały dwa barokowe obrazy z ołtarzy bocznych: Najświętszego Serca Pana Jezusa Dobrego Pasterza, jako słynący cudami już w czasach przed zaborowych i Matki Bożej z Dzieciątkiem, zwany obecnie Matki Bożej Pocieszenia i Wspomożenia Wiernych. Ten ostatni zapewne dlatego, że został przyozdobiony w I poł. XIX wieku srebrną sukienką z puncowanym ornamentem kwiatowym.

Ratowanie utraconego dziedzictwa

W okresie popowstaniowym niewiele udało się uratować z kościoła. Tym bardziej że okoliczne parafie: w Dziadkowicach, w Kleszczelach, w Wilanowie (obecnie w Tokarach), w Niemirowie i w Mielniku zostały także zlikwidowane. Zapobiegliwi ocalili księgi metrykalne i dokumenty kościelne, dotyczące pertraktacji z rządem. Kościół w Milejczycach był dużym właścicielem majątku kościelnego. Władza carska przekazała cerkwi prawosławnej w Milejczycach osiem kościelnych budynków. W tym sześć znajdujących się przy kościele – trzy domy mieszkalne: plebanię, dom dla czeladzi, dom mieszkalny o nieznanym przeznaczeniu i trzy budynki gospodarcze: stodołę ze szpichlerzem, lodownię, duży budynek o nieokreślonym w aktach przeznaczeniu, zapewne inwentarski oraz dwa domy w miasteczku (Milejczyce posiadały wówczas prawa miejskie). Po rewindykacji kościoła parafia odzyskała jedynie trzy z ośmiu budynków: dwa domy mieszkalne i budynek po parafialnej szkole cerkiewnej. Utraciła dwa domy w miasteczku i trzy budynki gospodarcze. Za panowania króla Jana Kazimierza i probostwa ks. Pawła Krasnodębskiego uposażenie kościoła wynosiło 17 włók (374 ha) ziemi. Król podarował parafii wieś Chlewiszcze, a ksiądz skupował działki orne (także z młynem na Nurczyku) w Grabarce i Milejczycach. Folwarki w Chlewiszczach i Grabarce zostały zabrane parafii jeszcze przed wybuchem powstania. Po rewindykacji kościelnego mienia oddano kościołowi w dzierżawę, dopiero w 1924 r., niecałą włókę (18,5 ha, w tym 3,5 ha nieużytków) ziemi na 12 zabranych (264 ha). W 1926 r. jedna morga ziemi została odstąpiona zarządowi gminy na budowę gminy w Milejczycach (obecnie ośrodek zdrowia). Dopiero w 1939 r. użytkowana tytułem dzierżawy państwowej ziemia (18 ha) stała się własnością Kościoła. Rząd carski zamknął również kaplicę św. Jozafata BM w Chlewiszczach i zamienił ją na cerkiew, filię prawosławnej parafii św. Aleksandra Newskiego w Połowcach. Kaplica ta nigdy nie została zwrócona milejczyckiemu kościołowi. Parafia w Milejczycach utraciła nie tylko miejsce kultu, ale też zabytek architektury drewnianej i zgromadzone w nim dzieła sztuki. Były to m.in. trzy ołtarze z obrazami malowanymi na płótnie. W ołtarzu głównym znajdował się obraz patrona kaplicy św. Jozafata, biskupa i męczennika (dobrego pędzla). Obrazy tego świętego są rzadko spotykane w Polsce. W ołtarzach bocznych umieszczono obrazy: Najświętszej Maryi Panny Częstochowskiej oraz apostołów: św. Piotra i św. Pawła. W posiadaniu świątyni był również obraz św. Szymona Apostoła. W 1856 r. kaplica została gruntownie wyremontowana przez ks. Adama Czarniewskiego.

Odzyskanie przez Polskę niepodległości było niewątpliwie zasługą także powstańców styczniowych. Pamiętajmy o ich mogiłach.